А не висит ли на меню главной страницы какой-нибудь отдельный css стиль(обычно -main), который потом прописан в css? Если висит - то все содержание может быть скрыто так: opacity:0; или display:none; или posistion: absolute; left: -10000px;
Сам когда то так делал, чтобы выводить модули в нужном месте.
Тематику доменов сохраняли?
1. Если домен был проэкспайрен, а потом куплен заново - ждите обнуления PR. Для гугла это обычный новый домен. Как только его проиндексят - все начнется с нуля.
2. PR не влияет на выдачу. Возможно как то косвенно, но не более.
3. Траста у сайта не будет, так как домен новый (посмотрите в Хуис дату "старта")
Да достаточно добавить любой параметр к урлу (?sape or &sape или любой другой) чтобы убрать продажные ссылки. Реализовать это технически, в автоматическом режиме - проще пареной репы. Гугл имеет достаточно умных людей, которые придумывали и намного более сложные системы против клоакинга, дорвейства и.т.п. - думаете он с Сапой не разберется? Сравнивать страницу со ссылками и без них, отбирать продажные - думаю это уже реализовано. Я считаю что гугл как то делит продажные ссылки на хорошие, и плохие. Как он это делает, не знаю. не думайте что вы намного умнее системы. Matrix has you :)