Julus просто цифры ни о чем не говорят, надо на сайт смотреть и анализировать.
При таком разбросе (если в гугле действительно 7000, то, думаю, нет не нормально).
Хотя опять же, дьявол кроется в деталях - если новый сайт, то яндекс может долго индексировать его, может быть много пустых страниц или страниц, которые гугл пока держит в индексе, а яндекс считает их не интересными или еще масса причин..причин в сайте, но не в движке.
rel="shortlink" показывает адрес ноды без ЧПУ (его, как и другие некоторые теги можно убрать модулем https://drupal.org/project/metatag или кодом). И в нем нет ничего плохого в данном случае, т.к. дубли это не создает.
Не важно кто оформлял домен, если ваши данные вписаны, почта - то должны помочь. Возможно они что-то не так поняли, еще раз попробуйте написать.
На заборе тоже написано... Так что это не гарантия. Ручками темплейты проверяйте. Или, как сказали выше - верстать самостоятельно.
CMS никак не влияет на индексацию, не важно что там уберкарт, джумла или битрикс. Если проблемы с контентом - то он не попадет в индекс, и решать нужно это.
В расчет не беру такие оплошности, типа закрытия от индексации/дубли/осутствия ссылок на эти страницы.
Что-то такое:
Зависит от того, на чем сделана главная страница.
Плохо искали - /ru/forum/webmasters-jobs/websites-servers-administration
Нормально, пойдет.