Ничего не понял...
Ни одного из описанных файлов нет и никогда не было в ядре Друпала. А удалить его и поставить дырявую DLE - вообще не лучший вариант.
Каким образом вы определяете обращения к несуществующим страницам? По логам?
Домен новый? Вероятно, что на нем раньше были эти страницы, которые поисковые боты проиндексировали, и теперь пытаются их переиндексировать снова. Или, как описанный вариант - залитый дорвей.
Решение - проверить комп на вирусы, сменить все пароли (не сохранять их в файловом менеджере), удалить все-все файлы с хостинга, и поставить drupal :), разумеется только с офиц. сайта drupal.org.
Продавайте по 1 ссылке сначала (цену выше средней ставьте), и следите за тематиками, чтобы казино, рефераты и прочая гадость не лезла - тогда риск минимален.
http://www.minivps.co.uk/ пользуюсь больше полу года. Франция.
http://2domains.ru/vps.php
https://www.fitvps.com/ пользуюсь больше полу года. Болгария.
http://securedragon.net/ пользуюсь 4 месяца (только под бекапы). США
http://domvps.com/ пользуюсь 2 месяца. Несколько локаций.
А вообще http://www.lowendbox.com/ рулит в этом вопросе. У наших хостеров таких цен не найти. В тоже время за дешевизной гнаться - себе дороже может в итоге выйти, тестите, делайте бекапы.
Держу пару сайтов уже пол года - да порой и 502 ошибка бывает, и как-то базы падали, но в течении нескольких минут все всегда восстанавливается.
Процитирую человека, который этим занимается -
"Либо БП, либо мать. Пусть посмотрит внешне конденсаторы на материнке, нет ли вздутых или потекших (видно потеки электролита).
В БП тоже самое можно сделать. "
Если есть - или перепаивать или менять полностью этот узел.
http://vps-hosting.lv/
Странно что кто-то еще вручную языки качает. Модуль Localization update решает все эти проблемы моментально.
Качает, поддерживает актуальность, обновляет локализации как ядра так и модулей.
Перво наперво попробовать перезапустить обоих, потом смотреть логи nginx и apache. /var/log/
Причин может быть масса, как минимум - конкуренты поработали над страницами, вот и стали выше. нужно комплексно проверять, может что изменилось, какие-то ссылки пропали, тексты растащили и т.д.
Поисковики отнесутся примерно так же, как если бы ссылки не было. Факт установки ссылки на источник - это как мера для того, чтобы в случае проблем с авторским правом можно было отмазаться "у меня ссылка на первоисточник" (хотя это вопрос спорный, лучше к спецам по авторскому праву обратиться).
Как бороться с неуником уже написали - отправлять все новые материалы сначала на модерацию, а потом уже, если статья подходит (например, проверена на уникальность через Адвего или ETXT) - публиковать.