Да причин миллион может быть от скорости загрузки страницы, до вхождения ключей в альты картинок. Попробуйте сделать технический аудит, юзабилити аудит, проверьте плотность ключей.
Такая же ситуация как у автора. Сайт проседает только в Яндексе. В Гугле все ок. Иногда бывает растут позиции в Яндексе, но общая видимость около 3%
Можно еще посмотреть по каким запросам вас находили в метрике и тоже включить их в СЯ
При размещении текста сразу указывайте в Вебмастере как "уникальные тексты". Отправляйте обновленные страницы на переобход.
