Вопрос интересный. Хочется услышать мнения экспертов. Сам часто задаюсь этим вопросом.
В моем понимании, в варианте ru.site.com и ua.site.com мы, как бы, имеем два разных сайта. И по идее у каждого свой рейтинг.
в варианте же site.com/ru/ и site.com/ua/ у нас один сайт (реально ведь так и есть), у которого страниц в 2 раза больше по сравению с первым вариантом. И все печеньки достаются именно site.com
Но тут есть своя проблема. /ru/ опускает все страницы на один уровень ниже относительно корня сайта.