Как говорится, "со слов пациента" :).
Влияют, ох как влияют. Даже по не очень конкурентным запросам.
Почему нет? Сколько надо, столько и делайте. У вас же не будут каждые 2 недели обновляться все 4000 страниц (я надеюсь). Вот тут правильно подсказывают насчет новых материалов. Их можно и руками засабмитить пару раз в неделю или по мере появления, если это так важно. Тогда все новое будет появляться в течение недели. Но все зависит от способа "появления новой информации".
Там же ссылочка на значке слева от названия вашего сайта на искомую страницу. Формально толк должен быть, почему нет.
Кстати, раз уж разжевали этот маленький секретик, кто-нибудь пробовал эту страницу каталога Апорта засунуть в Гугл? Бар показывает по-видимому, у большинства таких страниц пятерочку, а среди бэквардов страницы нет. Я пробовал ставить ссылку на такую страницу (кнопку апорта), прошло уже месяца 2 - no effect.
Хотя Гугл знает немало страниц каталога Апорта. Может мешает динамика? Или встречные ссылки?
Начиная примерно с 600-800 страниц, реже ПЕРЕиндексируется. Т.е. не сразу весь, а уже по частям. Это еще зависит, например, от количества давно неизменных страниц, их переиндексируют реже, остальные - чаще.
Увы, на этой странице нет прямой ссылки на ваш сайт. Вы - в полушаге от цели.
Ну вот. Для переиндексации второго сайта нужно несколько заходов, а первый почти влезает в 1 заход. Не может робот заглотить 4000 страниц за один заход. Я очень упрощаю схему, но такой фактор есть.
Сколько страниц на этих двух сайтах?
Вероятно дело как раз в "кривости" ссылок.
Чтобы не гадать - нужен конкретный пример.
Вопрос не в глубине директорий, а в старании спрятать страницы. Если внутреннюю страницу легко найти по ссылкам - дотечет сколько положено. А если короткого пути нет - так ей и надо. А директории тут ни при чем.
Что касается разбиения на сайты - это зависит. Например, если разделы отличаются по тематике и достаточно самостоятельные, лучше разделить. Тогда можно надеяться, что в каталоги попадут не один, а несколько сайтов, каждый из которых надо регистрировать в каталогах и SE. Правда каждый из них будет пожиже. Зато будет больше возможностей для маневра, например в смысле взаимных ссылок. Нужно принять во внимание конкурентов, куда вы хотите пробиться. Если у них авторитетные и большие сайты или очень популярный запрос (типа "credit cards" :) ), лучше не распыляться.