Такое правило,
RewriteEngine on
RewriteCond %{ENV:HTTPS} !on
RewriteRule (.*) https://%{HTTP_HOST}%{REQUEST_URI} [NC,R=301,L]
???
Нужно просто нормально переехать на HTTPS а не как у Вас. Заюзайте нормальное правило mod_rewrite и будет все по https индексироваться.
Такое правило,
RewriteEngine on
RewriteCond %{ENV:HTTPS} !on
RewriteRule (.*) https://%{HTTP_HOST}%{REQUEST_URI} [NC,R=301,L]
???