Да, так. Санкции могут быть наложены только если по какому-то запросу в выдаче появится 2 ваших сайта с одинаковыми контактами. Остается вопрос качества сайтов и уникальности информации. Ведь не только под аффилиат можно попасть.
Да, важны. По внутренним ссылкам передается и статический и анкорный вес.
Если хотите получить в сниппете быстрые ссылки, закрывать от индексации не нужно. Яндекс пишет, что наличие названия раздела в <title>, заголовке страницы и меню (текст ссылки с главной и внутренних) помогает роботу выделить важные разделы. http://help.yandex.ru/webmaster/?id=1067132.
Ну а если решите закрыть меню - хорошо бы сделать внутреннюю линковку, чтобы робот ходил по нужным анкорам.
