Много интернет-магазинов у одной компании

Можно. Целесообразность оцените самостоятельно. Она ведь зависит от гораздо большего количества факторов.

Скажу - не парьтесь.

Фильтр аффилиатов - не санкция, это, скорее, "маркер". Если изначально не ставилось задачи зОхватить выдачу по запросу, то ничего страшного-престрашного в нём нет. Есть некоторые неудобства, но не слишком значительные.

Это Вы сейчас так думаете :) Если я правильно понял Вашу ситуацию, то Вы будете торговать... розовыми слонами производства Зимбабве, Камеруна и Гондураса. Окей, всё нормально, пока пользователь хочет купить розовых слонов камерун или цена розовый слон гондурас. Угадайте, что будет, когда пользователь захочет розовый слон с доставкой? При прочих равных - не угадаете :) Это и есть то самое незначительное неудобство :)

Да, так. Санкции могут быть наложены только если по какому-то запросу в выдаче появится 2 ваших сайта с одинаковыми контактами. Остается вопрос качества сайтов и уникальности информации. Ведь не только под аффилиат можно попасть.

грубите.

а аргументов - нет.