Onecontent

Не должен. Не замечал прямой связи между ИКС и посещаемостью.
При посещаемости > 1 000 000 в месяц - ИКС сильно меньше 1000. 
У конкурента добавленного в ВМ при посещаемости в 10 раз ниже, ИКС переваливает за 1000 и растёт. Никакой взаимосвязи.

В настройках можно отключить извлечение лишнего. Но всё равно будет доп инфа - длина Н1 например, глубина, исходящие ссылки. Но будет меньше нагрузка, быстрее выгрузит.
А так совет выше дельный - выгружай всё, убирай лишнее.

В вашей задаче сразу конфликт интересов. Вы хотите простоты, а опытный пользователь хочет иметь возможность редактировать всё что можно. Соответственно такой софт не будет простым перетягиванием всё делать.

Мимо. Был вопрос, был ответ. При чём здесь скромность? 

Москва, медицина, статьи. Не знаю подходит ли под критерии "взлёт", в два раза трафик вырос. 

Для таких целей использую сеоцрм. Проверяет, присылает алерты, показывает изменения.

Clean-param: fromsearch

Страница 404й ошибки и должна отдавать 404 статус.

Роботс это рекомендация, а не правило. Робот может индексировать то что закрыто в роботсе.

Только следует учесть что роботс это не правила, а рекомендации для робота. Он может их просто проигнорировать.