Честно говоря, задавался подобным вопросом когда-то, и если за год ничего не поменялось, то доменная зона не играет роли на выдачу. Для ПС важны другие факторы. Поэтому выбирайте тот домен, который ближе к душе. Мне, к примеру, всегда нравились домены .com или .info. Вот сейчас запускаю 2 сайта (блог о копирайтинге, манимейкинге и сео + женский сайт) на доменах в зоне info. Выбирайте то, что Вам нравиться.
В чем заключалась ошибка? Если не те страницы/директории были проиндексированы, то сделайте robots.txt и запретите индексацию того, что по Вашему мнению не должно индексироваться
Я бы рекомендовал следовать нескольким фундаментальным принципам при составлении ТЗ для копирайтера:
Не забывайте указывать, каким сервисом/программой Вы проверяете уникальность, ведь в разных сервисах этот показатель может существенно разниться.