Aisamiery

Смотря для чего вам это надо, запустить основной процесс от пользователя и его группы в композ (версии 3) можно вот так

PS. Да забыл, только надо экспортунть эти переменные окружения

export UID="$(id -u)"
export GID="$(id -g)"

Вы немного не поняли суть докера, это не виртуализация как например виртуалбокс, задача докера изолировать 1 процесс с PID 1 только за ним он и следит. То есть докер контейнер это запуск одной программы изолированно, например  openssh-server, для примера nginx + php-fpm+mysql это будет 3 разных докер контейнера, при том если хотите lets encrypt это будет четвертый контейнер, крон пятый и так далее.

Сам по себе контейнер это запуск образа, а образ это "слоеный пирог" как таковой, в сам контейнер ничего писать нельзя он не сохраняет состояние, можно писать только в образ слоями, для этого есть файл Dockerfile каждая команда в нем это новый слой в пироге, только там можно дополнительно как то расширить образ новыми "слоями пирога" и на основе нового образа запустить контейнер.

Оверхеда практически никакого нет, вся эта изоляция делается на уровне ядра линукса хостовой системы, именно линукса, потому что в остальных системах это не совсем чистый докер, а Docker Desktop (докер на костылях).

Преимущество докера раскрывается на самом деле в управлении окружением, вы можете запустить с десяток php-fpm процессов различных версий, библиотек и конфигураций, что гарантирует (почти) одинаковое поведение на любой хост системе где установлен докер. Так же это помогает именно раскатки приложения в продакшене, вы можете подготовить и сконфигурировать образ для приложения, потом при изменениях в гите делать слой в образе накатывая туда код и записывать готовый образ с приложением в регистре (registry - хранилище образов), а системы деплоя уже увидят что изменился образ и подтянут его, запустят 100500 контейнеров после чего переключат на них трафик, так что деплой приложений стал простым и контролируемым. Но все это к стейтлесс частям приложения, стейтфул системы (базы данных, хранилища файловые) в докер как правило не запихивают для этого есть другие инструменты. 

С виду действительно, как будто бэкапы срабатывают. Смена шареда сомневаюсь что поможет или будет лучше или будет дольше лучше =))

Но можете попробовать netangels мне ребята нравятся использую вместе с бегетом уже много лет

FastPanel прописывает spf, dkim, dmarc? Зачем почта на сервере с сайтом? У большинства хостеров закрыты порты почтовые. При том панели ставят в том числе на виртуалки где просто столько всего не запустить по ресурсам =))

Он не нужен без оркестрации или хотя бы CI/CD, в чем смысл запускать что то в докере, а не сразу на хост системе?

И вопрос: а вы не планируете выложить сорцы в опенсурс? И откроете ли возможность сообществу расширять вашу панель?

Технически из вне проверить невозможно, начиная от проксирования в клоудфлаер и заканчивая арендой прокси прокладки у хостера из реестра. При том если клоудфлер может выдать реальный IP то у прокси-прокладки сделать это не получится, так как нет доступа к настройкам

function level($id) {
$level = 1;
        while ($id > 1) {
                $result = mysql_query("SELECT id,id_parent FROM `content` WHERE id='$id'");
                $myrow = mysql_fetch_array($result);
                $id_parent = $myrow["id_parent"];
                $level = $level + 1;
                $id = $id_parent;
        }
        return $level;
}

Во-первых, у вас тут SQL Injection.
Во-вторых, level лучше добавить в таблицу content чтоб он выбирался одним запросом, а не в цикле

Зачем? Необязательно выбирать поле в select чтобы по нему сделать фильтрацию.

Запрос вида 

select `id`, `parent_id` from `content` where `id` = 1

вернет только строки где id = 1 следовательно в select id не нужен так как он уже известен, других там не будет и это лишние данные которые гоняются, он нужен только в IN чтобы понять к какому id из запрошенных какой parent_id соответствует

Это было бы логично если бы был WHERE id IN (...), но в данном случае действительно лишнее