Нет, цели не поставишь в трекерах, но можно отследить то, что в метрике без всяких iframe, конечно не все, но для начала хватит. Вообще использовать iframe либо трекер зависит от следующего: 1) источник трафа 2) получатель трафа. Чтобы поставить цели в метрике скачиваешь полностью сайт либо просишь в партнерке его исходники. А дальше я думаю догадаешься, что делать.... Мой совет, если новичок: для начала пользуйся SUBID и будет тебе счастье. В Интернет много информации, что такое SUBID.
Не поставить в iframe цели метрики... Пользуйся трекерами.