Если у вас есть какой-то бренд, то в любом случае не помешает скупить соответствующие домены в разных зонах. А там и второй сайт не помешает.
В пределах одного ресурса можно попробовать эксперименты с hreflang http://help.yandex.ru/webmaster/yandex-indexing/locale-pages.xml
Что касается похожих, но разных слов в языках, поисковики обычно понимают слово с буквой "i" и буквой "и" как два разных слова. Другой вопрос насколько актуально продвигать те или иные украиноязычные запросы, надо смотреть статистику.
Если в итоге останется один сайт, то это переезд. Если, как пишет ТС, "получается 2 сайта в одном направлении", второй придется наполнять чем-то уникальным.
Найти в каком участке кода они находятся, вычислить как они туда попадают, искоренить.
Этот известный конфликт на весь мир больше похож на дворовую сплетню. Бабки там на лавочке и т.д.
Именно noindex, или всё-таки nofollow?
Если я правильно понимаю, noindex используют для закрытия от индексации страницы, ссылки же надо проверять на предмет rel="nofollow".