Тем же Пикселем можно снять до 300 позиции и снять/подтвердить опасения.
Meta robots, robots.txt, canonical в конце концов... как так не индексит? в дашборде ЯВм - ошибки есть?
Можно добавить таки сайт в ЯВм и контролировать индексацию и проблемы с ней.
Однако, диалог на круг зашел... хорошо поговорили.
Чем жать кнопку "Я всё исправил" - гораздо проще написать плаксивое письмо Платонам. Ай-вай, обижают, сайт белый-пушистый а вы про МПК...
Ну или любым парсером - спарсить сайт, затем выдачу (или сделать выгрузку ЯВм) и сравнить...
Если сайт не выглядит так, что «аж показать стыдно» - пишите платонам, снимут.
Не в этом ли проблема?
Вот'с хнай Яндекс?
Не будем. Это ненужно, и посему недопустимо.
Цепочки - нехорошо в любом случае. Объединять переезд протокола и структуры стоит.
Наилучшим вариантом видится:
1) Смена структуры при помощи 301 redirect
2) Ожидание переклейки
3) Переезд на https при помощи rel canonical
4) Ожидание полного перехода
5) Корректировка 301 redirect с целью устранения цепочек из редиректов и канониклов