Самое простое решение:
Увеличить тариф (часто бывает, купили самый простой тариф, поработали 2 года, потом стали приходить такие письма)
либо в тарифе было небольшое значение лимита CPU, и его просто необходимо увеличить и спать спокойно.
Но для того , чтобы принять решение, лучше бы узнать на сколько у вас был превышен лимит, и какой лимит у вас используется сейчас.
- За время ваш сайт стал более посещаемым (людьми, ботами, поисковыми системами - все эти так сказать посетители являются частой причиной повышения потребляемых ресурсов)
- практически в любой панели управления на хостинге есть анализаторы логов (awstats и webalizer) , где можно посмотреть статистику обращений к сайту, а самое главное какие боты посещают и в каких объемах
- часто закрыв доступ к нежелательным ботам, можно существенн снизить потребление ресурсов
- ну а дальше анализ времени исполнения скриптом, найти самые медленные, определить почему (xdebug вам в помощь)
- проверить на медленные запросы к базе и т.д.
Но судя по первому запросу "что такое CPU" лучше проконсультируйтесь у хостера, быстрее и проще.