1. Это сквозная ссылка или ссылка только с главной?
-- Сквозная ссылка лучше, чем просто с главной. Т.к. шансы на переход по ним увеличатся. Вес от них больше, чем просто с одной ссылки. Поисковые системы понимают, что это такое и поэтому не будет эффекта спама.
2. Можно ли использовать ключи типа: "создание сайта Киев" или использовать нужно только брендовый анкор "интернет агентство бла бла"?
-- Лучше всего использовать анкор без прямого вхождения коммерческих ключевиков. Т.е. писать просто "Создание и поддержка -- <название студии>"
3. Текстовая ссылка или ссылка картинка?
-- Лучше и то и другое, а так текстовая.
4. Ссылка на главную страницу или на внутреннюю посадочную? (в случае разработка - в раздел разработка, в случае продвижение в раздел продвижение)
-- Лучше на главную.
5. Открыта или rel nofollow?
-- Решать вам, с nofollow вам не будет передаваться сок сайта.
1. Url показывают старую иерархию (т.е. не соответствую будующей иерархии).
2. Они довольно сложны для восприятия.
3. Не содержат ключевиков.
Большинство разделов вложены в категории, которые нужно убрать. Т.е. стоит задача сделать более понятную и удобную иерархию.