Оставьте адреса в нужном виде т.е http://site.ru/index.php?cat=763 и подождите, все станет на свои места.
Главная страница присутствует в выдаче http://yandex.ru/yandsearch?lr=213&text=http%3A%2F%2Fgame-account.ru%2F&csg=0%2C825%2C23%2C1%2C0%2C0%2C0
То, что вы говорите - смена релевантности (внутренняя страница больше подходит под запрос - больше вхождений ключа, больше ссылок и т.д).
1. Найти ссылки в html коде;
2. Выявить, к примеру, div блок, где располагаются ссылки;
3. Сделать поиск в файлах сайта по названию класа div`a;
Так найдете файл, который отвечает за вывод ссылок.
https://ahrefs.com/
Когда-нибудь эти доноры закончатся и придется закупать из смежной тематики.
Сейчас такой проблемы нет. Исправили?
https://ru.ahrefs.com/ - там показывается все, что вам нужно.
Как вариант:
1. Собрать список всех страниц (сеофрог`ом или нетспиком);
2. Загрузить список в netpeak checker (http://netpeak.ru/soft/netpeak-checker/) и просканить его по параметру "Индекс url".
Скорее всего стоит задача продвигать каталог продукции только на английском языке (как вариант из-за опасения наложения фильтра за дубли карточек).
"Зачем так сделано" - думаю этого не понимает и сам сделавший. С точки зрения seo эффективнее использовать 301.
При быстром отборе добавьте сайты сначала в заявки, а из заявок экспортируйте куда нужно.
Для анализа ссылок без заявок нужно копать в сторону api сапы.
