Склейка двух интернет-магазинов разных по структуре

Есть смысл продвигать 2 сайта, раз старый у вас уже имеет нормальную посещалку то задача на новом ее увеличить. Все таки 2 места в поисковой выдаче лучше одного

А как-же Аффилиат фильтр? Название домена 1 в 1, разница лишь зоне ru и org. Даже юр адрес сходится.

1. Под какой регион идет продвижение, если ru и трафик с гугла 80% с яндекса 20% - печально. В основном идет наоборот в РФ.

2. Если задача иметь максимальную видимость по РФ - гугл (не имеет региональности), если нужны регионы - Яндекс

3. Можно просто сделать так. Перенести структуру с org на ru (потому что это более трастовый ресурс для гугла, хотя видно ПФ плохие, если в Яндексе все печально).

Вот инф https://singatullin.in.ua/perenos-internet-magazina-na-opencart-bitriks/

В теории, нужно смотреть какая сейчас у вас цмс.

Может как вариант сделать переезд 2 сайтов на новую цмс (+ старые урлы)

Настройте по регулярке редиректы с урла на урл.

Тогда вопрос зачем было новый сайт делать. В этом случае если у нового сайта есть трафик и ссылочное нужно настроить редиректы с совпадающих категорий нового на старый домен, остальные редиректы на главную например

В чем смысл наличия второго магазина?

ТС, зачем делали второй сайт? Относительно ваших целей и стоит принимать решение.