Помогите разобраться с отчетом GA

Что-то у вас там не так настроено.

Не должно быть так.

Проверьте, для начала, корректность установки счетчика.

Там, похоже, что-то не так не со счетчиком, а со внутренними ссылками или редиректами. Но вообще, Вы правы - нужно смотреть и разбираться.

Существует такая же проблема. Может ли это быть связано с тем, что проект сначала существовал на поддомене основного сайта, а потом был вынесен на отдельный домен, а со старого адреса настроен редирект?

Подсказали, что это переходы с поддоментов, то есть внутренние.

Как их можно исключить, кто знает?