Большая разница в позициях без региона и в регионе.

сочетания с городом в тексты, в дескрипшн, в анкоры ссылок, адрес в Справочник

Основной запрос с топонимом ? Типа, Продажа слонов в Москве ?

Вы имеете ввиду, что по запросу "купить товар" вы на 1 месте, а по запросу "купить товар в Москве" - на 200+ ?

Это потому, что первый запрос геозависимый, за него конкуренция идёт только по региону, а второй запрос - геоНЕзависимый, и по нему конкуренция идёт по всей России, грубо говоря.

(Я могу быть неправ, поправьте меня если что)

Нет.

Запрос примерно такой:

пластиковые окна цены

В выдаче:

https://yandex.ru/search/?text=пластиковые окна цены&lr=0

Первое место.

В выдаче:

https://yandex.ru/search/?text=пластиковые окна цены&lr=1

200+

zveroangel, намек на то, что не достаточно явно выражена принадлежность к региону?

just1s, как я смотрю регион написал выше.

krasikov, прислушайтесь к совету zveroangel и я бы добавил:

- подайте заявку в ЯК (с расширением на 7 регионов)

- прикупите ссылок с тематических ресурсов того региона, в котором вам нужен ТОП (а лучше получите их бесплатно с региональных тематических модерируемых порталов или каталогов или форумов).

Коммерция, Москва и область - ссылочное не работает, не? По регионам ссылки толкают а в белокаменной толкалка маленькая. Как вариант.