nginx + php5-fpm - падает производительность.

Сделайте больше. Например в 5 - 10 раз.

Тот сайт, который медленно работает - отдебажте через xdebug.

Попробуйте посмотреть логи, например лог медленных запросов mysql, включите отладочные логи начиная с nginx, посмотреть что для медленных сайтов прописано в кроне, не является ли они самыми популярными для поисковиков. Ну и поищите всё-таки отличия между быстрыми и медленными сайтами. xdebug это уже от безнадёжности.

А в логах php-fpm что?

Логи чистые, ошибок нету. Заметили еще одну особенность. Спасает ситуацию: /etc/init.d/php5-fpm reload , именно релоад. Сессии тут точно не причем. Ибо проблема появляется на сайте с посещаемостью 0, где сессий всего 1-2 файла, и этот сайт работает на отдельном пуле php-fpm.

И вроде нашли одну штуку, если у сайта отключить opcache (php5.5) то производительность падает до того же уровня - когда сайт переходит в состояние тормоза. Будем смотреть что и как с opcache

---------- Добавлено 22.09.2014 в 15:19 ----------

Проблему решили, как оказалось - причина была в маленьком значении переменной opcache.memory_consumption который был установлен в 128 мегабайт. А так как сервер под виртуальный хостинг клиентов - то память быстро забивалась и когда ее не хватало - то те скрипты которых нету в опкеше начинали работать без него, и как следсвие - падала производительность. Увеличили значение до 8 гигов (слава богу память стоит копейки) и все стало работать на 5+.

Редкий случай - автор вопроса не поленился объяснить, в чём была проблема. Всем бы так.

artful172, где смотрели объем свободного opcache?