Новичкам: С чего начать продвижение сайта-2?

товар может быть в разных категориях - показываться на фронте, с одним уникальным урлом

это с какого перепугу? все что на фронте и не запрещено к индексации - все индексируется

Или вы создавали два или более абсолютно одинаковых товара с одним и тем же артикулом и свойствами, но с разными id в базе сайта?

какие еще копиив какой фид. Ваш товар попал в фид - этого достаточно

нет я выбрал главную категорию для товара и доп категории где его показывать ( опенкарт как пример)

С такого, что я, беру основной раздел "мужские ботинки" и проверяю релевантность его страницы запросу.

В том случае, если у меня весь товар в подразделах, то не смотря на то, что копии находятся в основном разделе, релевантность равна нулю.

Нет товара, нет релнвантности, хотя копии и есть

Тогда доп. Категории без товара а только с копиями станут нерелевантны своим подзапросам

Видимо, вы не совсем понимаете сути вопроса.

Фиды вы тоже не делали?

это почему же? и почему вы называете это копиями? это ссылки на ваш товар.

И все категории это просто ссылки на товары что основная что подразделы

в доп категориях будут ссылки на мои товары и они будут релеватны

я подавал фиды в яшу, в чем суть вашего вопроса?

Вот в этом я не уверен, о причинах чего я вам неоднократно писал выше