Высокий iowait

Сначала нужно получить стату mysql (например по munin). Посмотреть mytop. Поймать медленные запросы в slowlog. Уже потом смотреть запросы через describe и либо их переписывать или расставлять индексы.

А потом понять что вся проблема в random write, огорчиться потраченному времени и купить SSD.

В любой непонятной ситуации покупай SSD.

лишним SSD не будет и сгодится, как временный костыль, чтобы выкроить возможность, без ущерба проекту, не спеша, искать узкое место.

поставил SSD, ничего не поменялось

Не может быть, поставьте munin и выложите скриншоты сюда, весь блок по дискам.

iostat не смотрели?

iostat -x 3 5

tuning-primer также стоит использовать, чтобы понять является ли mysql источником высокого iowait

Для этого, наверное, лучше сначала посмотреть iotop и если MySQL там будет очевидно много есть ...

из-за прослойки в виде впса. Может такое быть? Попробовать переехать на чистый дедик?

еще как может.

ради интереса перетащите сайты на чистый дедик. я видел контейнер на весь ресурс сервера только один раз. wa конечно не зашкаливало, но было приличным для той нагрузки, которая была. перенесли на чистый дедик, загрузили родное ядро - стало хорошо.

если таки воткнули ссд, перенесли туда файлы и все равно дикий wa - то и гадать нечего, это уже потеря времени и шаманство. Просто смените железо.

askary, Какой SSD воткнули конкретно