Одноцентовые клики - в чем магия?

В конечном итоге все решает стоимость клиента или ROI, кому как удобнее. Может и CTR быть 0,000001 а трафа валом и он халявный и конвертится.

Немного с посылом CTR не согласен, от CTR зависит ставка в контекстной рекламе. А так ROI это абсолютный подход.

а если компания новая? я так понимаю вход всегда дороже, чем потом будет

Если кампания новая, то считают по среднему, в зависимости от статистики конкурентов. Я точный механизм не знаю, но мне это так видится - берут количество показов всех конкурентов за какой-то период, количество кликов, выводят средний СТР и новым объявлениям присваивают этот гипотетический СТР. А потом, когда уже собственная статистика у объявления накапливается, то цена либо падает, либо поднимается в соответствии с собственным СТР по отношению к среднему.

могу сильно ошибаться, но мне это так видится.

Мне тоже так кажется. Возможно, что формула посложнее, чем чисто брать среднее между всеми (считается мат. ожидание и т.п.), но в целом - так и есть.

Чем больше накапливается данных по конкретно вашему объявлению - тем больше учитывается именно ваша статистика. Считается, что после 400 показов учитывается только ваш CTR, а не расчётный (есть упоминания об этом в форуме, основанное на высказываниях в блоге яндекса по директу)