Плохо ранжируются внутренние страницы сайта

Здесь каждый второй топик о похожих случаях. :)

Ссылки удалили, а взамен ничего не приобрели? Да, гугл стал злой и капризный, но без ссылок пока никак

Ссылки покупаю постепенно, в основном безанкорные.

Покупаете постепенно, а сбросили сразу. То, что они безанкорные, это с какой-то стороны хорошо, но конкретным запросам анкорные ссылки нужны. И очень важно качество донора - это нынче самое главное. Вообще хорошо бы увидеть сам сайт (может в нем проблема) и статистику переходов за нынешний год (как все происходило).

Письмо в вебмастер тулз приходило?

Попробуйте удалить старые страницы и сделать новые (то есть, тупо переделать учитывая рекомендации)

Письмо не приходило.

А вот страницы переделал. Страницы не отличаются от страниц в других проектах.