Влияет ли работа сайта на поддомене на ранжирование?

Доброго времени суток!

Столкнулся с такой ситуацией. Сайт настроен так, что работает только на поддомене у nichost.ru

т.е. только главная страница сайта работает как надо - mysite.ru

А все остальные - mysite.nichost.ru/...

Не знаю зачем это было сделано, но сайт очень плохо виде в поисковиках.

Собственно хотел поинтересоваться - может ли данный фактор влиять на выдачу?