Скорость фактической смены региональной принадлежности

А что за сайты? Одна компания с одним набором услуг или нет?

Нет, абсолютно разные сайты, разных тематик, разных компаний.

Тогда стоит проанализировать список ваших запросов. Скорее всего в 1-м случае это были геозависимые запросы, поэтому при регионе "Россия" сайт потерял позиции, во втором случае присвоение хоть какого-то региона (пусть даже "Россия") положительно сказалось на позициях в московской выдаче, что вполне закономерно.

Если вы продвигаетесь по геозависимым запросам, то лучше присваивать конкретные регионы, в выдаче по которым вам нужен ТОП, если геонезависимые, то в принципе все равно, какой регион, хотя ходит мнение, что сайты без региона и с регионом "Россия" в данном случае продвигаются легче. Компания ArrowMedia как-то раз выкладывала результаты подобных исследований, но я бы не стал особо верить их цифрам - понятно, что реальной статистики никто в открытый доступ не выложит.

Спасибо за желание помочь, но вы немного напутали само понятие региона "Россия". Он тоже имеет свою формулу для геозависимых запросов.

Семантическое ядро конечно же тщательно проанализировано до начала работ, и почти все ключевые слова в нем геозависимые. По "России" ранжируются запросы пользователей из регионов, не имеющих своей четко выраженной формулы, например, Саратов, Тверь, Тамбов, Пенза и т.д. В расчете на эту аудиторию и создавали данные сайты.

поменяйте регион назад.

Один из сайтов наконец-то только в прошлый АП начал ранжироваться, как и должно быть. Значит всё-таки такая инерция долгая. Регион в вебмастере поменялся месяц назад, а фактически только сейчас. Нужно будет в будущем учитывать при составлении компредов клиентам.

по моему опыту 1,5-2 месяца занимает стабилизация позиций после смены региона. если глюков каких то нет, конечно. так что тут три апа наверно не срок пока.