Как не потерять позиции при смене структуры сайта?

А что, нельзя было сохранить адресацию? Поставьте тогда хоть со старых адресов 301 редирект на новые страницы.

Ну вот зачем? Зачем нужно было выкладывать новый сайт на поддомене?

Никак. Никаких 100% работающих способов нет. Хотя, можно и "подняться" с новым сайтом. Но изменения позиций будут точно.

позиции по любому слетят, ни чего не сделаешь, но со временем все вернется

это не значит, что нужно расслабить булки и перестать наращивать тематические ссылки

А если ссылки скормить через вебмастер роботу новые, это не спасет положение?

Ну как это может спасти положение? Кормить Яндекс URL'ами нужно в том случае, если есть проблема с индексацией. Страницы эти скорее всего будут в индексе, но на каких позициях -- не известно.

старые ссылки торать нельзя ни в коем случае

новые наращивайте

бабло побеждает зло

и не гоните картину, у ботов свои алгоритмы, начнешь кипешевать и их тормошить, схватишь фильтр

с этим строго

Ну и бредятина… Набор фраз, вообще не касающихся вопроса ТС.

И поверьте, сайты попадают под фильтр по вполне очевидным причинам, а не из-за «тормошения ботов».

НУ не факт что слетят, есть обратные примеры, редиректы ставьте

если конкурентные запросы то слетят 100%, и 50% что вернуться на старые позиции...301 редирект не гарантирует полную передачу веса страницы. придется на новые странички ссылок немного наставить с предыдущими анкорами.ю тогда все ок