Хочу сайт восстановить и развивать дальше, но...

Доброго времени суток!
Ответьте, пожалуйста, на такой вопрос:

Есть у меня заброшенный сайт, делал его давно и по неопытности запорол, но хочу сайт восстановить и развивать дальше.

Опубликовано на нём уже 200 статей, ссылку на каждую статью вывел в единственном блоке навигации и, в общем, получилось, что теперь навигация длиною по вертикали как 4 моих монитора, а я его хочу ещё наполнить статьями.

Задумал полностью перековырять сайт, сменить шаблон, дизайн. Пришел к выводу, что созданные ранее ссылки на статьи в навигации придётся менять и выводить их уже не в блоке навигации на странице первого уровня, а на страницах второго и третьего уровня, но они уже есть в индексе поисковиков.

Если мне сменить внутренние ссылки на статьи, как отнесутся к этому Google, Яндекс и др. поисковики? Будут ли они считать мои статьи по-прежнему уникальными? Какие сайт могут ожидать после этого последствия?

Сайт стоящий, поэтому прошу совета у людей, которые разбираются в этом!