Есть ли принципиальная разница между главной и внутренней страницей?

при прочих равных главная всегда будет выше внутренней

По всей логике, главная будет выше... Она имеет больше всего веса, на нее, как правило, больше всего внутренних ссылок... По каталогам тоже главную пихают...

Мне показалось что с последним АПом вес внутряков уменьшился, хотя может просто ссылочное стало хуже работать с бирж.

прежде всего посмотрите выдачу - если там по вашим запросам в топ50 одни морды, то внутреннюю лучше и не пытаться тянуть. хотя в остальных случаях внутряк предпочтительней, т.к. с ним обычно больше свободы действий в плане внутренней оптимизации.

А если по каталогам я не раскручиваю? И внутренняя логика у меня такая, что на главную и на этот внутряк идет одинаковое количество ссылок? Отдаст ли яндекс предпочтение главной ТОЛЬКО потому, что она главная и ее адрес имеет вид www.saitname.ru а не www.sitename.ru/page1 ?

Вы сами ответили на свой вопрос. ГЛАВНАЯ - есть главная. Это понимают люди и соответственно программы которые пишут эти люди (в частности поисковики) поэтому даже у нулевого сайта при одинаковых условиях главную продвинуть по запросу будет немного проще, чем внутряк. Жаль только все ключевики на главную не скинешь и оптимизировать главную в большинстве своем сложнее из-за отсутствия свободного места и т.п. вещей.

Обычно просто несколько основных!! запросов кидают на главную, а все остальное раскидывают по внутрякам.

Liveword, главная страница традиционно предпочтительнее для тяжёлых запросов, бо её вес, как правило, максимален. Однако его влияние на ранжирование меняется вместе с алгоритмами ПС. Так, после запуска Магадана в Яндексе вылезло немало внутряков, сейчас в Анадыре - опять морды в фаворе.

А вот и предложим. Или для Вас это вещи несовместимые?

Совместимые. Но я в принципе понять, имеет ли главная преимущество только из-за своего "адреса".

Всем спасибо за ответы!

Имеет. Но не из-за адреса. ;)