Выдача в серпе не только главной страницы

Ну да. Сайт, очевидно, молодой еще.

Да я бы не сказал... Год-то точно есть уже.

Не зная запроса и не видя сайта - это как с завязанными глазами по фотографии ставить диагноз. Много ли ссылок на сайт?

страниц 5 561, сайтов — не менее 54 - это Яндекс

мало, конечно, но есть...

и при том, что по неплохим запросам главная довольно недалеко от первой страницы выдачи, остальные - в хвосте, причем в таком, которого не видно..

1. потому что вес первой страницы больше

2. да, с соотв.запросами

Мало. Ставьте больше, в т.ч. на свои внутренние страницы.

Спасибо большое всем за ответы, буду делать :)