Почему по ключевым словам находится только главная странциа?

Потому что поисковые системы считают главную страницу более релевантной запросу, нежели внутренние.

А ссылки с других сайтов есть на эти внутренние страницы?

Может просто у вас все внешние ссылки ведут на главную? Вот поисковики ее больше и облюбили.

Снимите эти запросы с главной и уберите ссылки на нее с этими ключами, если они есть. Потом закупите ссылок на внутряк и будет вам счастье. А почему вы главную не хотите продвигать по всем запросам, ведь внутряк будет дольше вылезать? И не факт, что вылезет...

По уму...надо на главной прописать основные конкурентные запросы...

На остальных, другие менее конкурентные.

Потом уже смотреть что и как...

Если надо какой-то запрос двинуть с внутренней страницы, ссылок купить на нее....

Еще полезно заранее выяснить какие страницы, по каким запросам будут ориентироваться.

Внешние ссылки на эти страницы есть, хотя, конечно большинство ссылок идет на главную.

Думаю что если убрать эти запросы с главной, то от этого будет только хуже. Т.е. от того, что я уберу запросы с главной, поисковик по этим запросу не станет заточенные страницы показывать в рейтинге выше чем показывалась главная по этим запросам.

Ну в общем я так понимаю что проще забить на это и все...

Купите дешевых ссылок по каждому запросу, на индивидуальную страницу.

Нужно было правильно оптимизировать страницы и расставлять ссылки в начале продвижения. Тогда не было бы таких косяков.

Мой совет: продвигать главную по конкурентным запросам, менее конкурентные вынести на внутренние. Выше советовали такое.