Вопрос как Яндекс относиться к скрытым ссылкам?

Не банят.

Уже больше года порядка 10 сайтов с этим живут...

Я на всех сайтах, которые делал, ставлю ссылку "Создание сайта ТамТам.ру", и прикручиваю к ней выпадающее меню (в коде ссылки прямые, видимость/невидимость управляется через css посредством js), в котором что-то типа "среди наших клиентов:", где пунктов 5-6 с ссылками на продвигаемые сайты.

Да и банить, собственно, не за что...

Данное меню пользователь увидеть сможет (надо только мышку навести), упоминание о других работах, в данном случае, уместно (речь идет о работах дизайнера).

Физический смысл явления понятен и обоснован!

Web Page Maker V2 у меня такой. Впрочем, у него и других глюков хватает.

Ну прикрыли же xss, в чем по большому счету у них разница?

разница большая, xss - это дырка в системе, и фильтруется она достаточно просто,

а css, div, или просто кривая верстка (так что табличка на табличку наложилась) - это повсеместные элементы html разметки, и понять где ими злоупотребляют, а где это элемент дизайна, на автомате, ой как сложно.