Если линкопомойку сделать на поддомене, то как к этому отнесется Яндекс?

Яндексу фиолетово :) где у вас линокпомойка.

Каталоги будут возбуждаться, что обратка не с того домена, куда они ставят :)

Ведь, обратные ссылки автоматически проверяются? Как это работает? Может, не все будут считать поддомен другим сайтом? А Яндекс понижает рейтинг за линкопомойки?

По-всякому бывает. Может и внешнее ссылочное обрубить.

Более того, может и забанить.

Так как же этот вопрос решить? Чтобы и Яндекс не банил и каталоги размещали?

Я думал, что субдомен это решение...

Очень ИМХО: делать лучше не линкопомойку, а аккуратный каталог с сайтами определенной тематики (если общетематический - больше шансов, что забанят), лучше всего на своем движке...

А по поводу размещения Вашей ссылки в каталогах - если каталог белый, то должны ссылку на субдомен принять. Хотя каталог каталогу рознь. Что касается черных каталогов - а оно надо, такое счастье?

Каталог нормальный тоже будет со ссылками на ресурсы со схожей тематикой. Я имел в виду что делать со ссылками на каталоги после автопрогона...

При автопрогоне говорят белые, а получаются всякие :)

Если он белый то при чём тут обратка ?:D

Так как же этот вопрос решить?

Чтобы и Яндекс не банил и каталоги размещали?

с этим вообще париться не стоит, пусть просят, ваше дело их не поставить:)