невидимый iframe на странице влияет как то на поисковики?

ПС может расценить невидимые ссылки как обман и могут быть наложены соответствующие санкции.

а если они в ноиндексе?

Тогда какой от них толк? Они же ведь невидимые, т.е. и люди их не увидят, и ПС не увидят.

Да нормально относятся. индексят то что в них находится тоже. скрипт счетчика наверное нет.

просто с рейтинга могут попереть. например на бигмире к этому жестко относятся (к накрутке)

По некоторым наблюдениям (за разбивкой на пассажи), Яндекс сначала учитывает разметку и пр. теги, а только потом <noindex> (поэтому, вероятно и возникают проблемы при несоблюдении его вложенности).

Наверное, ничего (хорошего) не будет. (порядочные спамеры и накрутчики давно борятся с более влиятельными факторами)