Удалить часть каталога на сайте?

сравнений на скольких сайтах/нишах тематиках ? сколько было юзеров ? 

СМИ, Оборудование, ИМ одежды, Услуги типа стоматологий, салоны красоты, автосервис... 

Проекты и федеральные и региональные

какой же тут товар ? это не товарные сайты

Так услуги это считай те же товары, смысл тот же, остальные ИМ также были, сколько нужно назвать проетков чтобы было понятно за объективный срез?)

нет, это совсем другой тип сайта, по другому продвигается и оптимизируется и вообще услуги и товары сразу надо делить

Я думаю, что если в эксперименте по ИМ участвовали ну хотя бы сотня магазинов из хотя бы 10ка самых популярных ниш/тематик, то при хорошем а/б тесте можно было бы сделать вывод что действительно - при товаре нет в наличии - идет 301 на категорию - то все довольны. 

Я не представляю что если я хочу купить айфон черный на 256 гиг - мне дают категорию с белыми синими и красными айфонами. Я бы сайт закрыл бы навсегда

Для пустой страницы с HTTP 200 Google прямо описывает soft 404 в разделе 2xx этой справки: https://developers.google.com/crawling/docs/troubleshooting/http-status-codes

Это отдельный статус в отчёте «Индексирование страниц», а не просто низкая позиция в поиске. При этом отсутствие цены или снятая с продажи модель сами по себе soft 404 не доказывают: имеет значение содержимое, которое получил Google. Для конкретной карточки можно проверить причину исключения и отрисованную страницу в Search Console; если там другая причина, приписывать ей soft 404 не стоит.

пустая страница и страница без контента это разные вещи. Откройте консоль и посмотрите на 404 у себя и поймете о чем речь