Продвижение по России или Москве ?

Немного не с того конца заходите. Не надо выбирать или Москва, или Россия, у вас должна быть система.

Основной сайт site.ru - ваша федеральная витрина, на нем вы пишете что работаете по всей стране.

А поддомены, включая msk.site.ru - это как бы ваши региональные филиалы, даже если они виртуальные

Вы у себя дома всегда настраиваете регион РОССИЯ?

99,9 % пользователей даже не в теме, где настройки региона, где они находятся

Двигайте Москва и крупные города регионов

Ну вот, один пользователь говорит что основной сайт надо продвигать как Россия, и для Москвы делать поддомен. А другой пользователь говорит что основной сайт надо продвигать как Москва )) 

Тебе еще кучу вариантов накидают, у каждого свои предпочтения. Никого не слушай, делай как тебе нужно или вообще как получится

А еще есть вариант когда поддомен на страну)))). 

На континент, а страны и города в папках)))

а на планету ? ну типо весь мир, яндекс же нормально англ сайты ранжирует. 

думаю так надо - на землю - домен 1 уровня, на континент второго, а на страну поддомен аля таджикистан.магазин.xyz

ПС: жаль никто выдачу не посмотрит и не узнает как правильно надо 

А вообще - всё в папках и подпапках  

Т.е., основная - солнечная система, потом на планеты и так далее}

Это по Гугл. Под яшку на поддоменах и крутят. ТС этого не понимает. Наверное.

Нет, не нужно. За основным доменом закрепляете фактический адрес компании т.е. Москва.

Нет, не нужно.

Нет. Регион "Россия" больше актуально для информационных сайтов. Для коммерции - закрепляйте тот регион, где находится компания.

p.s. Столичный сайт может ранжироваться и в регионах, но приоритет в ранжировании будет для региональных сайтов.

Касаемо продвижения поддоменами/папки - нужно смотреть, что за бизнес, какая специфика, есть ли/планируется ли развитие региональных представительств, какая фактическая конкуренция и т.д.