Создание ядра сайта

кластеризовать их

чем?
Интересно было бы попробовать что-либо на python... 

ибо на компьютере установлен линукс... виндусёвые приложухи не работают 

Посмотреть обучающие видеоматериалы как кластеризовать СЯ на группы запросов, либо найти исполнителя, кто знает как это делать.

Есть сервисы по кластеризации, есть отдельные программы. Тут важнее понимание принципов как это делается, а инструментарий - дело третье.

Поищите в поиске справочные материалы по данному вопросу и выбирайте инструменты на свой вкус, под линкус не посоветую, с линуксом не работаю.

либо прогами под винду либо онлайн сервисами - в гугле их валом, выбирайте какой угодно, для винды - кейассорт

А откуда взяты эти 15т запросов? Если кто-то собирал, почему сразу не соотнесли их со страницами, хотя бы приблизительно, по смыслу? А если это какая-то прога или сервис выдали - то результативность такого действия вообще неизвестна. Меня всегда пугают огромные списки слов, якобы подходящие для сайта, по мнению ahrefs или serpstat. Ничего Вам не навязываю, но я бы дал кому-то глянуть этот список.

Ну, если там 15000 запросов, то там явно, все, что нужно и не нужно.

Ну раз виндоуса нет, то сервисами, десятки их. Но получается дороже, чем прогами. 

А если хотите на пайтоне, то собрать данные под кластеризацию сможете через xml-сервисы, а как сравнивать и группировать запросы, уж погуглите, прям так и ищется