Ошибка при перезагрузке httpd и долгий старт

Если это так - то проверить легко - снести амнезию контейнер:
docker rm -f  имя_контейнера

если cloak ставили -то он мог занимать 443 порт.

Я тут ещё нагуглил это может быть связано с тем что апач пытается загрузить сразу две версии php и они конфликтуют, из за чего он одну отклоняет, может попробовать убрать файл 10-php.conf из conf.modules.d и попробовать рестартануть так?

upd: переименовал файл "10-php.conf" в "10-php.conf .disabled", рестартанул апач, ошибка исчезла и альтернативная версия php включилась

Появилась в логе какая то другая ошибка
PHP Warning:  PHP Startup: Unable to load dynamic library '/opt/php53/lib/php/modules/mysqli.so' - /opt/php53/lib/php/modules/mysqli.so: undefined symbol: mysqlnd_connect in Unknown on line 0
Стоит на это обращать внимание?

Да, это значит ППЦ какой-то с модулями.

У вас панель ISP? И вы туда решили вкорячить VPN не стандартный?

Моё предложение, это выносить VPN на чистый сервер. А с этим... спасать сайты и переустанавливать всё. ИЛИ если есть у хостера снимок VDS, чтобы восстановить полностью его.

В англоязычном видео с рутуба, название видео "DevOps & SysAdmins: PHP mysqli.so: undefined symbol: mysqlnd_connect in Unknown on line 0" нашёл подсказку, там аж целых 4 варианта решения было.
Добавил строчку extension=mysqlnd.so в /opt/php53/etc/php.ini для альтернативной версии php, в моём случае 5.3.29, да старые скрипты на сайте, приходится такую древнюю версию использовать, хотя я их уже выправил для более свежей версии 5.4.16, с ней собран апач нативная версия, на ней выдавались только предупреждения в логе.
А эта ошибка mysqli.so: undefined symbol: mysqlnd_connect in Unknown on line 0 появлялась только при перезапуске апача, на альтернативной версии php 5.3.29, может и не стоило заморачиваться, на работу сайта она не влияла. И да у меня ispmanager, замучался я с ним конкретно.

Не нужно на серверы с панелями (любыми) ставить левый софт - тогда не будет никаких проблем. 

Там скорее всего не из за софта, а из за того что я vps не перезагружал 3 года, а за это время установились обновления которые применились после перезагрузки сервера, openssl например обновился, была версия 1.0.1e, после перезагрузки сервера, 21 января это было, стала версия 1.0.2k, возможно ещё что то обновилось, мне выскакивало окошко в панели то, что было обновление для ядра и т.д и что надо перезагрузить сервер, но я тогда не перезагружал, так как всё работало и меня это устраивало, а вот после установки amnezia vpn пришлось перезагрузить впс и вот после этого начались непонятки сначала с версией php, а теперь с модулем mysqli который возможно и не был включён до 21 января, я теперь уже не помню, но по факту сейчас с php 5.3.29 подключен модуль mysql, то есть самый первый, а если подключать mysqli и mysqlnd то они не подхватывают базу данных которая на Maria DB, но это только с этой версией php, если включить опять нативную версию 5.4.16, то с ней mysqli подключается и работает с Maria DB, возможно я опять переключу на 5.4.16, с ней потребление памяти на запрос чуть меньше, но придётся закрыть глаза на предупреждения в логе ошибок сайта из за старых скриптов, движок сайта мне уже не обновить, так как он модифицированный (вордпресс) много чего вырезано для облегчения, у меня например на страницу всего 8 запросов получается и даже кеширование не включено, так как оно просто не нужно. Вот такая фигня получается.

Да скорее всего версия php 5.3.29 была собрана без подключения mysqli, вот из phpinfo

Configure Command

'../configure' '--prefix=/opt/php53' '--cache-file=../config.cache' '--with-config-file-path=/opt/php53/etc' '--with-config-file-scan-dir=/opt/php53/etc/php.d' '--disable-debug' '--with-libdir=lib64' '--with-pic' '--disable-rpath' '--with-bz2' '--with-freetype-dir=/usr' '--with-png-dir=/usr' '--with-xpm-dir=/usr' '--enable-gd-native-ttf' '--without-gdbm' '--with-gettext' '--with-gmp' '--with-iconv' '--with-jpeg-dir=/usr' '--with-openssl=/usr' '--with-pcre-regex=/usr' '--with-zlib' '--with-layout=GNU' '--enable-exif' '--enable-ftp' '--enable-magic-quotes' '--enable-sockets' '--with-kerberos' '--enable-ucd-snmp-hack' '--enable-shmop' '--enable-calendar' '--without-sqlite' '--with-libxml-dir=/usr' '--enable-xml' '--with-mhash' '--with-system-tzdata' '--enable-force-cgi-redirect' '--enable-pcntl' '--enable-mbregex' '--without-readline' '--with-libedit' '--with-db4=/usr' '--with-phar' '--disable-dom' '--disable-json' '--disable-pdo' '--disable-mysqli' '--enable-timezonedb=shared' '--disable-xmlreader' '--disable-xmlwriter' '--enable-dba=shared' '--disable-posix' '--with-apxs2=/usr/bin/apxs' '--disable-cli'