Подскажите по docker-y кто шарит

А можно просто создать .env файл и использовать его. Но все равно лучше это делать в докерфайле

можно ли таким образом с помощью докера управлять ресурсами? например выделить для PID 1 скажем 4 ядра и столько-то памяти, а для PID 2 побольше

Докер не для управления ресурсами, вы можете для докера выделить ресурс, и он будет внутри крутиться

да можно ограничить контейнеру ресурсы https://docs.docker.com/config/containers/resource_constraints/

Это на каждый сервис придется кодить докерфайл тогда

У пользователя в докере нет прав на файлы из-за того, что он не знает группы.

Попробую.

Вышло ранее добавлением группы в работающий контейнер и рестартом php/nginx.

Но после перезапуска контейнера все пропадает.

Вам надо понимать, что такое пользователь и группа в linux это по сути какой то ID числовой. В контейнере не свои ID, а точно такие же. То есть если у вас есть на хост системе пользователь например webuser с ID 1001, то в контейнере тоже надо создать пользователя с 1001 ID, тогда у него будут такие же права для файлов. Выше способ я показал как можно запустить процесс от того же пользователя, у меня в продакшене так работает. Ну и не правильно чтобы nginx и php были в одном контейнере. Путь докера (docker way) это то, что в одном контейнере один основной процесс.

Да, я с числом добавлял

В разных контейнерах, в одном компосе файле.

Я может, не очень понял проблему, но в моем случае я в докерфайле просто делаю так:

FROM python:3.10
RUN groupadd -r docker && useradd -r -g docker docker
RUN apt-get update && apt-get install -y \
    gettext \
    libpcre3 \
    libpcre3-dev \
    rsync
etc....

Ровно так как и делал бы в обычной убунте, например

необязательно, тв можешь взять готовый образ, если не нужно ничего менять, просто добавить, например, переменные окружения