Много ссылок на странице с 301 ошибкой, вредит ли это СЕО?

Ну я бы руководствовался логикой. Если вы сделали 301 редирект какой-то страницы, то внутри сайта ссылки желательно тоже редактировать. А еще лучше настроить логику работы сайта так, чтобы они автоматически менялись. К тому же внутри сайта использовать короткие ссылки, чтобы они отправили на тот же сайт но на более длинный адрес - затея крайне сомнительная. А так, наверно никак не влияет, но и пользы никакой не несет.

негласное правило - никаких редиректов на сайте, все ссылки прямые.

Я бы более сказал, что я впервые такое вижу, собственно зачем это было сделано и какие наркотические средства покупал тот кто это придумал... жесть какая-то

Короткие ссылки используются оформления рекламных постов, а не для адресации внутри сайта.

Внутри сайта рабочая навигация должны выполняться каноническими адресами, а короткие ссылки всегда работают через редирект. 

d

Сейчас вообще хрен разберешь что мешает, что рулит. Великий рандом наступил, даже с сайтами у которых история регистрации домена и сайта равняется 26-ти годам от роду.

Есть вполне очевидные вещи. Если вместо того, чтобы индексировать, а потом ранжировать новые страницы поисковый робот раз за разом натыкается при переобходе на 404 ошибки, попадает в многократные циклы 301 редиректов, то очевидно ПС нет необходимости ранжировать такой сайт выше, нежели аналогичный, где за статусом ошибок следят, 404 вовремя склеивают, редиректы отслеживают и кроме того добавляют на сайт качественные авторские материалы.

Возможно анализатор дебильный и не только не умеет работать с DOM , но и отличает body от head.

Шорткодные ссылки могут быть прописаны в хедере как альтернативные. Но на самом сайте их нет. Тогда всё нормально.

Если же шорткодные имеются в структуре, тогда это нужно фиксить.