General error: 2006 MySQL server has gone away

У тебя ошибка выдаётся не на select, а на insert.

У меня одна догадка - может первый же селект в цикле вызывает открытие соединения с базой, но я его не закрываю и затем оно и закрывается по таймауту? Нужно ли закрывать соединение в PDO ?

Нет - именно на селект, я уже проверил это, был второй try-catch, я его просто убрал.

вроде нет, сделал 

$chek2 = null;
$result2 = null;

не помогло

Сколько времени работает скрипт?

Если долго, то да, нужно закрывать соединение и открывать заново.

Это для долгого консольного выполнения скрипта в основном.

до ошибки минуты 2-3

Можно поколдовать со значением переменной wait_timeout в mysql, если оно слишком низкое

Все таки нужно было закрывать соединение. Закрыл его перед циклом, и стал открывать уже в каждой итерации (и закрывать в конце) и ошибка пропала.

Странно, впервые такое приходится делать

Можно использовать постоянное соединение MySQL. В PDO за это отвечает ATTR_PERSISTENT. Передавайте этот атрибут прямо в конструктор 😉

И в следующий раз показывайте реальный код, чтобы участники форума не домысливали то, что могло быть представлено наглядно.

Очень тупая реализация если честно,  лучше уж тогда вначале цикла сделать запрос "select 1" и в catch если упало с SQLException  сделать реконнект, чем каждый цикл подключаться и отключаться, там же оверхед нифиговый так то