Может ли в Linux’е быть два файла в одной директории с одинаковым именем одного регистра?

Вы копируете из линукса, в котором это вОзМоЖнО в винду, в которой это невозможно и удивляетесь?:)

Винраром, как я писал уже выше - вы тоже открываете в винде по правилам винды, поэтому, файлы будут в нижнем регистре вне зависимости от того, какими они были в исходной ОС.

Я не удивляюсь, я просто такого не встречал, знал про регистры символов, но думал может еще что-то есть, и еще раз повторю zip архив делался на сервере под линуксом, zip утилитой которая сто лет входит в состав всех дистрибутивов, там все сохранялось так как есть, в винде это уже потом, и я не удивляюсь что в винде действительно нельзя одинаковые имена файлом задавать, она сразу это заметит.

А вот и нет, вы не угадали, как раз таки WinRar, видит ZIP архив созданный на сервер в Linux, но открытый в винде, так как есть на самом деле, и прекрасно отображает файлы с одинаковыми именами в разном регистре и плюс этот случай с абсолютно одинаковыми именами, и я готов за это ответить, слушайте ну что мне опять скриншот делать винрара как он отображает два файла с одинаковым именем в разном регистре символов одинаковых имен файла, у меня есть и такие файлы, но это я понимаю, это особенность Linux’а, а вот один в один имена это было немного удивительно.

А сделай, мы посмотрим, какие там у тебя одинаковые файлы с разными размерами.

А я уже делал, посмотри на первой странице внизу, там вроде написано Размер, ну и да они чуть-чуть разные, на пару килобайт что ли.

Это глюк. Либо самого zip при упаковке, либо глюк отображения или хранения. Можно проверить, распаковав этот архив на той же машине, где его делали. Если вылезет ошибка, что искомый файл уже создан - значит глючно упаковал, если нет - глюк на винде.

На линуксе, лично для меня, оптимально создание архивов при помощи tar и gzip (когда-то давно, не знаю как сейчас, zip просто так было не установить, лицензия или что-то такое было, только разархиватор ставился без проблем).
В итоге, использую исключительно unzip для распаковки и никогда не устанавливаю zip - в нем нет необходимости. tgz прекрасно разархивируется на винде при помощи 7-zip и не доставляет проблем.

Стандартная утилита/команда bash.

Кстати, мог перепутать с rar, да.
В любом случае, zip не юзаю издревле, но вот точно не помню с чем это связано.
tar.gz оказался для меня более удобной и вменяемой связкой, но почему - в упор не помню.

Я tar использую реже, только если zip не работает. На некоторых системах не установлен  zip, тогда приходится tar использовать.