Составление СЯ с помощью Букварикс. Вопрос

Букварикс это база, там может много чего отсутствовать из свежих запросов, особенно если ниша имеет к этому склонность.

Раньше показатели частотности у Букварикса обновлялись не каждый месяц, если они устранили этот пробел, тогда да. Это лучше уточнить, чтобы не собрать старую частотку.

Я б 2 пункт переделал. 

Уже решили. В пределах разумного частоты собираются в рабочем режиме.

Как уже было выше сказано, Букварис - хорошая бесплатная база, которую не помешает добавить key.so и ручными проверками.

Можно и так, можно иначе.

Главное правильно спроектировать рабочую структуру и выполнить кластеризацию, чтобы потом можно было свободно дополнять её вложенность, потому как лично для меня работа с семантикой продолжается на протяжении всего рабочего процесса - в режиме мониторинга рабочей видимости и рекомендации запросов можно и нужно дополнять СЯ.