Единственный вариант, это скармливают куда то  RSSку сайта

К примеру,  страница в выдаче поиска yahoo, появляется спустя пару минут после публикации

О том и речь. Думал, что для этого сайта страницы(редкие благодаря удаче входили в индекс гугла, но очень редкие) в гугл уже не загнать и делал всё под яндекс.

Но вирус опроверг эти домыслы. За сутки загнав десятки тысяч спамных.

Попробуй feedburner и програмка есть rssadder ( что то типа того)
или как вариант, добавляем пинг сервера. Список поиском (Список пинг сервисов для WordPress 2022)

PS проверил на пару сайтах, новые страницы заходят в индекс в течении суток

Сайт не имел никаких вариантов защиты? Есть защитные плагины. Хостинги тоже, бывает, включают в тариф защиту от атак и антивирус.

Еще один с бредовыми советами.
Поставьте запрет на доступ папки админ, запрет  файл логин и защитите папку инклудес ( гуглим)
Запрет в конфиге на изменение файлов шаблона
И живите спокойно

Я не советую. Я спрашиваю.  Потому что сам хочу сделать сайт. И интересуюсь, как можно защитить сайт. А в этой теме интересуюсь, почему так произошло: была ли какая-нибудь защита или нет. 

На этапе разработки закрывать папку инклудес и запрет в конфиге шаблона не нужно, тк. вы не сможете нормально править ваш сайт. Это надо делать тогда когда вводите сайт в промышленную эксплуатацию. Ну и потом, если надо подправить что-то или загрузить - надо снимать временно защиту, а потом не забыть поставить обратно. Вобщем гемор ещё тот. Я еще на вп.конфиг.рнр 600 права ставлю. Ещё я отключаю RPC

- Изначально и сразу ставить защиту, ибо может оказаться поздно с самого начала
- Снимать зачем защиту? Себе по  IP разрешить доступ никак? даже если он динамический...В Лс могу ответить

Кстати в логах можно посмотреть на этот день, проанализировать откуда запрашивали RSS

И кстати читаем и пробуем на практике, пишем результат)) статья на серче -

Google: для быстрой индексации контента

В идеале, конечно так и нужно. Но на практике при коллективной разработке все равно какие-то коллизии случаются