Начали пропадать страницы с сайта

нет, просто школота разлекается и ломает сайты, удаляя страницы. Что и является пруфом лома. Кто больше наломает, тот  и генерал. У меня так было однажды - вместо контента страницы  - hacked by admiral.  Меняйте пароли и явки, то бишь хостера. В 12-м году многие сайты на плеске ломали и шелы заливали. Может и у самописи бегета такая проблема.

а что там бекапов нет?

быстрее через вебархив, чем в sql базе ковыряться

Может быть дисковой квоты не хватает? 
Также можно проверить содержание аккаунта на вирусы встроенным антивирусом (если есть).
И можно также скачать access_log к сайту и проверить все POST запросы к сайту - могли шелл какой-нибудь подложить.

- дисковая квота, или проблемы хостинга - ломалась бы вся база
- шелл да

1. меняем пароли на фтп, хостинг, базу данных
2. В папкb wp-admin, wp-includes  в htaccess, запрещаем всем доступ, себе по  IP разрешаем.
В корне сайта htaccess запрещаем доступ также к файлу wp-login
3.Удаляем папки админ и инклудес, ВП файлы в корне ( файл конфиг оставить )))
4. Заливаем новую ВП
На этом все/ будет работать, даже если шаблон темы с вирусом
5. Проверяем вручную файлы темы/ запрещаем в папке с картинками запуск скриптов

Если тема использует файлы из папки wp-includes, файл htaccess  с запретами из нее удаляем
Гуглим другие способы защиты данной папки