Имеет ли значение уровень вложенности в URL?

Да. 
И еще нужно заклятие от изуверов придумавших "оптимизировать" код, удаляя из него переносы и пробелы.

Доказательства этому есть?

Для меня есть - в г. Москве, на ул. Большая Полянка, 7/10 ещё стоит компьютер, где находится полный архив моей работы 5-летней давности, там есть детализацией по всем проведённым работам. Для меня это пройденный этап и вполне очевидные вещи. 

Соб-но, можно и в общем виде описать - когда по нескольким сотням кластеров у тебя разные результаты по индексации и с этим валом проблем нужно что-то делать, то структурирование оперативной рабочей информации благодаря той же URL структуре очень помогает принимать необходимые решения. Клики от главной - вообще уже никакой роли не играют, потому что на большом тематическом сайте - фактически комьюнити, основные пользовательские точки входа - это разделы с обсуждениями. Многие пользователи ведут общение вообще минуя Главную. 

Обратите внимание. Вы сейчас объясняете человеку, какие у SEO-шника могут быть доказательства, что урлы с идентификаторами удобней. Возможно, даже не пьяному, и в своем уме. Так се занятие)))

Ну, ок через тэги, а что в хлебных крошках рисуем?

Мой вопрос вообще-то был о поисковых системах.

Это даже не объяснение, это скорее продолжение мысли, начатой здесь.

На пользователя  livetv я уже давно обратил внимание и это ответ не для того, чтобы удовлетворить его интерес. Это разговор, чтобы шире развернуть тему и с одной стороны - дать почву для размышления TC (и всем кто будет с интересом читать), с другой стороны - послушать какие-то ценные рассуждения о рабочем опыте,  - в частности от вас :) потому, что других ценных спикеров в этом вопросе я для себя пока не вижу.

А доказывать, убеждать на данном форуме - это действительно абсолютно бессмысленное занятие, хотя бы потому, что практически всегда неблагодарное.

Ну в хлебный получается главная/тег

У тега же не может быть родительской категории. На то он и тег.

Ну так для кого мы делаем тогда таксономию? Чисто для ПС?

У меня органический трафик, где 95% пользователей попадают на нужную им страницу.
Если по какой-то причине попали на главную, никто не будет шариться по пунктам меню - есть текстовое поле поиска (фильтра).
Если пользователь попал в категорию, там есть теги, которые выглядят, как категории.
Как я же писал, делали сайт по этой же технологии. Раздел -> Категория -> Теги.
И страницы тегов в ТОПах были.
Самы яркий пример.
Android
--Игры
---Аркады

Дальше плодить подкатегории нет смысла. Но кластеры существенные:
Онлайн игры,  Игры про Зомби, PVP игры и т.д.

И раз уже пошла такая пляска Антоний, ваше мнение по такому примеру.
Вот есть раздел Звуковые эффекты
Дальше категория Животные.
А дальше есть виды животных. Например, Собаки, Кошки, Медведи.

И там есть вопрос. Можно сделать подкатегорию Звуки собак.
А внутри еще подкатегории: Лай собак, Рычание собак, Пыхтение собак.
Или сделать их тегами.
Или не делать их вообще ни тегами, ни подкатегориями, а попробовать все эти запросы прописать в основной категории Звуки собак.
Но тогда мы будет проигрывать конкурентам, у которых страница заточена конкретно под Лай собак.

Но как вы говорите, нужно соблюдать таксономию. И выходит, чтобы добраться до Лая собак нужно:
Главная
-Животные
--Собаки
---Лай собак

При всем этом запросы Звуки собак и Лай собак имеют примерно одинаковую частотность и заслуживают отдельного внимания каждый.

По сути у вас тэги - это категории ( для ПС ), Вы просто технически используете тэги для создания категорий от корня/
Поэтому все сторонние проклятия, можно не учитывать/
 Но добраться до лая собак, вы можете с категории --Собаки, т.е. ---Лай собак одновременно и подкатегрии для посетителей

Это про юзабилити, а не про ПС, если говорить по теме.