Как правильно eko или eco - ?

Если для русскоязычной и предполагается передача имени «на слух» - то оба варианта плохи.  Так как «эко-как-русское-сэ» а если ещё и в site есть c/k то вообще труба. 

как пишется ecology, так и регистрируется.

eko - это бренд 

только у Вас же есть привычка   их регулярно  "удолять", так что без разницы... 

В этом всё и дело . Я купил вчера домен с приставкой eko, потом смотрю и вижу, что я допустил грамматическую ошибку. Придется удалять сайт/домен/аккаунт и покупать домен с приставкой eco

Пока не поздно, лучше так и сделать. Только зачем пляски с удалениями? Купить eco, сделать 301 с eko, через год не продлять eko. Все. 

такая практика все равно может быть чревата претензиями со стороны владельцев бренда, если на домене-реципиенте  ведется  деятельность по зарегистрированным категориям МКТУ. У зарубежного регистратора в худшем случае локнут домен, а здесь возможны иные варианты.

Я домен этот вчера купил. Я его даже в вебмастер не добавлял

Вероятность почти 0, а сейчас если владелец бренда - зарубежная компания, то спокойно можно зеркально отвечать. 

С учетом «купил вчера» = вряд ли уже стопицот страниц в выдаче , а даже если и так, то разница в весе старого и нового - сутки, то в принципе проще просто бросить eko, согласен. 

В любом случае «удалять сайт и аккаунт» это как-то чересчур. 

Ну и тогда нафиг. Только зачем что-то удалять я не пойму. 

Ну я следы заметаю. Когда покупаешь домен и размещаешь сайт, то идёт стук информация о том, что появился новый сайт. Вы наверно замечали, что даже если не добавлять сайт в вебмастер, то он все равно появляется в поиске. Стук уже произошел. Если я не удалю бракованный домен и все что с ним связано, то при покупке нового сложиться впечатление, что у обоих доменов один хозяин, типа я хочу заниматься спамом, чтобы весь поиск был забит моими сайтами. 

IMHO это паранойя несусветная.