Да проблема то в том, что это сделано не столько для того чтобы заменить заграничные сертификаты, сколько для того чтобы сделать всеобщую прослушку. Так как выпуская свой корневой сертификат и внедряя его во все компы, можно без проблем делать MITM прослушку всего SSL трафика.

Отлично 

короче как я понял из бесплатных только  Let’s Encrypt у нас остался? 

кто подскажет, как выпустить и установить на хостинг nic.ru можно, читаю что  Let’s Encrypt не со всеми хостингами работает

Используйте Certbot или любой другой ACME-клиент (на сайте Let’s Encrypt есть список основных таких клиентов).

Для автоматической валидации доменов можно использовать сервис у меня в подписи. Подробнее: https://p20.ru/features/certificates

Также можно установить скрипт валидации прямо на ваш сайт. На форуме nic.ru была тема. Там основной вопрос, устанавливать ли сторонний скрипт на ваш сайт или просто настроить постраничную переадресацию с /.well-known/acme-challenge/ на сторонний сервис, например:

Redirect /.well-known/acme-challenge/ https://acme.p20.ru/estic/

Выпущенные сертификаты Let’s Encrypt устанавливаются в панели nic.ru точно так же, как и платные. Только вчера помогал одной организации это сделать: щелкните по сайту, а потом вверху последнюю вкладку "Безопасность". При установке в поле "Сертификат" загружайте сразу fullchain.pem, чтобы не добавлять "промежуточные" сертификаты.

SSLs.com не хочет продлевать сертификат для домена .ru

Какие есть альтернативы сейчас, кроме  Let’s Encrypt ?

Из крупных УЦ - GlobalSign но теперь с ручной доп. проверкой.

И ещё вопрос к комрадам, а чем плохо обратно свалиться на http для обычного сайта? Ну будет маркер - не защищено, но людям то ваще на это по барабану, судя по исследованиям. Если наш сайт - не сайт банка, например, а обычный коммерческий, или информационник?
Влияния на seo так там вообще по минимуму...

Вы попробуйте в современном браузере открыть сайт по http и вопрос отпадет сам собой 😉

А что такого страшного? Сайт открывается ровно так же, как и любой другой с сертификатом. Единственное отличие - небольшая пометка в адресной строке "не защищено"